Önce Katolik, ardından da Protestan misyonerler Osmanlı Hristiyanları üzerinde çalışmışlar ve yeni cemaatlerin oluşmasına sebep olmuşlardır. Misyonerlerin en çok etkilediği cemaat ise Ermenilerdir. Kadim Gregoryen Ermeni cemaati, misyonerlerin etkisi ile büyük bir değişim yaşamış, Katolik ve Protestan Ermeni cemaatleri ortaya çıkmış, milliyetçilik fikri yaygınlaşmıştır. Ancak bu değişimin ilk sonucu, Ermenilerin milliyetçilikten etkilenmesi ve ayrılıkçı faaliyetlere girişmeleri değildir. İlk sonuç, Ermeni cemaatinin kendi içerisinde parçalanması ve iç çatışmalar yaşamasıdır.
17. yüzyılın başından itibaren İstanbul’daki Katolik papazlar Ermenileri Katolikleştirmek için misyonerlik faaliyetlerini arttırmışlar, bu da cemaat içerisinde hoşnutsuzluğa neden olmuştur. İstanbul Ermeni Patriği, IV. Murat zamanında, Katolik misyonerlerin Ermenileri başka kiliselere götürdüklerinden şikâyet edince mezhep değiştiren Ermenilerin toplandığı kiliseler kapatılmıştır (Kılıç, 2001, s. 728). Özellikle 1773-1799 yılları arasında Ermeni Patriği olan Zaharya, Katoliklere karşı çok sert bir tavır takınmıştır. Patrik Zaharya, sadece İstanbul’da değil ülkenin diğer bölgelerinde de Katolik Ermenilere karşı baskı uygulamıştır. Örneğin Kıbrıs’ta yaşayan Katolik Ermenilerin cenazelerinin Ermeni mezarlığına defnedilmesine izin verilmemiş, yerel idare kilise yönetimine bunların defnedilmesi konusunda emir vermiştir. Zaharya, hükümete başvurarak bu kişilerin gömülmesi için Ermeni papazların zorlanmamasını istemiştir (Türkan, 2012b, s. 30).
Patrikhanenin Katolik Ermenilere karşı tavrı, 19. yüzyılda da değişmemiştir. 1828 yılında Patriğin isteği üzerine pek çok Katolik Ermeni İstanbul’dan sürülmüştür. Katoliklerin koruyucusu Fransa’nın buna müdahale etmesi sonucunda Katolikler İstanbul’a dönebilmiştir (Türkan, 2012b, s. 36). Osmanlı Devleti’nin Gregoryen Ermeni kilisesini koruyup, Katoliklerin faaliyetlerini engelleyici tutumu üzerine Fransız baskısı gelince, hükümet 1830’da Katoliklere ayrı bir millet statüsü vermiştir. Ancak bu durum sadece Katolik ve Gregoryen Ermenileri değil Katolik Ermenileri de birbirlerine düşürmüş, çeşitli kiliselerin etrafından pek çok grup ortaya çıkmıştır. Kısacası Ermeni cemaati parçalanmıştır (Türkan, 2012a, s. 322 vd.). Vergi meselesi, mezarlıklar ve nüfus tahriri konularında Gregoryan ve Katolik Ermeniler sık sık karşı karşıya gelmiştir (Türkan, 2012b, s. 36-37).
ABD ve İngiltere güdümlü Protestanlaştırma faaliyetlerinin Ermeni birliği üzerindeki tahribatı daha büyük ve etkili olmuştur. İstanbul’dan Kudüs’e kadar kısa sürede örgütlenmesini tamamlayan Protestan hareketi kısa sürede belli bir kitleyi kazanmayı başardı. İngiltere’nin girişimiyle 27 Kasım 1857 tarihinde Sultan Abdülmecid’in fermanıyla Protestan Ermeniler “millet” statüsü kazandılar. Gregoryen kilisesinden ayrılan Protestanlara Müslüman bir vekil ile ruhani işlerini yürütmeleri için de bir rahip tayin edildi. Kırım Savaşı sonrasında başlarına patrik atanmasıyla Protestan milletinin teşkili tamamlanmıştır (Çetin, 2009, s. 466). Böylece Ermeni cemaati Gregoryen, Katolik ve Protestan olmak üzere üç parçaya bölünmüştür.
Protestan misyonerlere karşı ilk tepki, nüfuzunun azalacağından endişe duyan Gregoryen Patriği’nden gelmiştir. Patriklik, Protestan okuluna devam eden öğrenciler ile bunların velilerinin isimlerini isteyerek, bu kimselerin hapsedileceklerini ilan etmiştir. Protestanlığı kabul eden Ermenilere ölüm cezası da vermiştir (Kılıç, 2000, s. 166-167). Protestanların, Patrikhane ile yaşadığı dinî tartışmalar Katoliklerinkine oranla daha fazla olmuştur. Çünkü İncil’e ve din adamlarına karşı Protestan mezhebinin bakış açısı oldukça farklıydı. Protestan Ermeniler, kilisenin kendisini Kutsal Kitap’tan soyutladığını ve ikinci plana ittiğini öne sürmüşler, kilisenin teolojisini, ayinlerini ve dini anlayışını eleştirmişlerdi. Patrikhane ise Protestan Ermenileri toplumsal hayattan tecrit ederek, mezhep değiştirmenin önüne geçmeye çalışmıştı. Protestanların evlerinin kapıları işaretlenmiş, kendileri ile konuşmak, selam vermek ve alışveriş yapmak yasaklanmıştır. Protestanlar çocuklarını vaftiz ettirememişler, gençlerini evlendirememişler, Gregoryenler ile aynı semtlerde oturamamışlardı (Türkan, 2012b, s. 43-44).
Protestanlaşan Ermenilerin sayısı arttıkça hem Patrikhane’in baskısı artmış, hem de Gregoryenler ile Protestanlar arasındaki çatışmalar şiddetlenmiştir. Daha 1845’te Trabzon’daki Protestanlar evlerinden çıkarılmış, ölen bir Protestan’ın Ermeni mezarlığına gömülmesine izin verilmemiş, Türklere ait bir arsaya defnedilmiştir. Patrik Çamurciyan, Protestan Ermenileri kiliseden aforoz etmiştir (Çetin, 2009, s. 469-470).
Gregoryenlerin bu tutumuna karşılık, Protestan Ermeniler İngiltere’ye yanaşmışlardır. İngiltere ise gerek İstanbul’daki elçisi, gerekse ülkenin dört bir yanındaki konsolosları vasıtasıyla Protestanları korumayı ve onların şikâyetlerini Bâbıâli’ye iletmeyi en önemli vazifelerinden biri olarak görmüştür. Örneğin 1851’de Halep’teki İngiliz Konsolosu Antakya ile Lazkiye arasında bulunan Hessale köyünde Protestan Ermenilerin, diğer Ermeniler tarafından kötü muameleye tabi tutulduklarını bildirmiştir. 1856’da Tarsus İngiliz Konsolos Vekili ise Adana ve Tarsus’ta bulunan bazı Protestan Ermenilerin, Gregoryen Ermenilerin etkisi ile sorgusuz sualsiz tutuklandıklarını iddia etmiş, kendisinin bunları kurtarmak için müdahale ettiğini, ama etkisiz kaldığını belirterek, Tarsus kaymakamı dâhil bazı görevlilerin uyarılmasını istemiştir (Osmanlı Belgelerinde Ermeni İngiliz İlişkileri, I, 2004, s. 3-7).
Protestan misyonerlik faaliyetleri Gregoryenlerin düşmanlığına sebep olmakla kalmamış, ayrıca bazılarının Katolik kilisesine yaklaşmasına sebep olmuştur. Adıyaman bölgesindeki ilk Katolik kilisesi, Amerikalı Protestan misyonerlerin faaliyetlerini engelleyemeyen 70 kadar Ermeni’nin bir tepki hareketi olarak Katolikliği kabul etmesi ile kurulmuştur. Ardından çevre köy ve kasabalarda Katolik kiliseleri faaliyete geçmiştir. 1894 itibariyle Adıyaman’da dört tane Katolik kilisesi vardır (Dalyan-Yıldız, 2010, s. 76-77).
Ermenilere yönelik misyonerlik faaliyetlerinin bir diğer sonucu da laikleşmedir. Misyonerler sayesinde Ermenilerin batı ile teması kolaylaşmış, misyoner okullarında ve yurt dışında okuyan yeni bir Ermeni nesli ortaya çıkmıştır. Bu nesil Karanlık ve Aydınlık (Aydınlanmış) adlarıyla birbirine zıt iki ekole öncülük yapmıştır. Aydınlıkçılar, laik gruptur ve İngiltere tarafından desteklenmiştir. Bunlar sayesinde Ermeni Patrikliği kısmen laikleşmiş, ruhban sınıfı gücünü kaybetmiştir. Laikleşme ile birlikte milliyetçilik de etkisini arttırmıştır (Çetin, 2009, s. 470-471).
Sonuç olarak gerek Katolik gerekse Protestan misyonerlik faaliyetlerinin Ermeni cemaati üzerindeki ilk etkisi, iç çatışmalar olmuştur. Ermeni cemaati parçalanmış ve kendi aralarında pek çok sorun yaşamıştır. Milliyetçilik ve ayrılıkçı fikirlerin Ermeniler arasında yayılması ise misyonerliğin sonraki sonuçları olmuştur.
Çetin, İsmigül (2009), “İngiliz Misyonerlik Faaliyetlerinin Ermeni Milliyetçiliğine Etkisi ve Gregoryen-Protestan Ermeni Çatışması”, Hoşgörüden Yol Ayrımına Ermeniler, II, yay. haz. Metin Hülagü, Şakir Batmaz ve Gülbadi Alan, Kayseri, s. 457-475.
Dalyan, M. Gökhan ve Mehmet Yıldız, (2010), “XIX.yy’da Adıyaman Süryani ve Ermenileri Arasında Katolik Misyonerlik Faaliyetleri”, Adıyaman Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Dergisi, Sayı 5, s. 74-85.
Kılıç, Davut (2001), “Osmanlı Ermenileri Arasında Katolik Kilisesinin Kuruluş ve Faaliyetleri”, Yeni Türkiye Ermeni Özel Sayısı, Sayı 38, Ankara, s.726-734.
Kılıç, Davut (2000), Osmanlı İdaresinde Ermeniler Arasındaki Dini ve Siyasi Mücadeleler, Ankara.
Kuzgun, Şaban (1983), “Misyonerlik ve Hıristiyan Misyonerliğinin Doğuşu”, Erciyes Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dergisi, Sayı 1, Kayseri, s. 59-82.
Türkan, Ahmet (2012a) “İstanbul’daki Katolik Ermeni Gruplarının Problemleri ve Papalığın Müdahaleleri (19.yy)”, History Studies: International Journal of History, IV/2, s. 317-341.
Türkan, Ahmet, “İstanbul Ermenilerinin Dini, Toplumsal ve Kurumsal Problemleri: Mezarlıklar Sorunu (19.yy)”, İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Güney-Doğu Avrupa Araştırmaları Dergisi, Sayı 21, s. ?