Yalçınkaya, ilk ve orta öğretimini Ankara’da tamamladıktan sonra Ankara Üniversitesi DTCF Genel Türk Tarihi Anabilim Dalından 1985 yılında mezun oldu. 1987 yılında MEB burslu öğrencisi olarak İngiltere’de Oxford’da yabancı dil öğrenimine başladı. 1989 yılında Birmingham Üniversitesi Osmanlı Araştırmaları kürsüsünde “The Provincial Reforms of the Early Tanzimat Period as Reflected in the Kaza of Avrethisarı” adlı Yüksek Lisans tezini tamamladı. 1993 yılında aynı üniversitede “The First Permanent Ottoman-Turkish Embassy in Europe: The Embassy of Yusuf Agah Efendi to London (1793-1797)” konulu Doktorasını tamamladı. 1993 yılından beri KTÜ Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü’nde Trabzon’da görev yapmaktadır. 1996’da Doçent ve 2002’de Prof.Dr olmuştur. Prof.Dr. M. Alaaddin Yalçınkaya, Yenileşme Dönemi Osmanlı Tarihi alanında çalışmalar yapmaktadır. Osmanlı Diplomasi Tarihi alanında çalışmaları dikkati çekmektedir. Özellikle Avrupa’da ilk ikamet elçililiklerinin kuruluşu, onların faaliyetleri, Türk-İngiliz İlişkileri ile Osmanlı İmparatorluğu tarafından istihdam edilen Avrupalı uzmanlar hakkında çok sayıda çalışması vardır. Ayrıca yabancı ülkelerde ve Türkiye’de çok sayıda sempozyum ve kongrelerde bildirileri vardır. Lisan eğitiminin yanında Lisansüstü eğitimde de 25’in üzerinde Yüksek Lisans ve Doktora tezi danışmanlığı yapmıştır.